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L'iniziativa comunitaria INTERREG III B MEDOCC è finanziata congiuntamente dal FESR (Fondo Europeo di Sviluppo Regionale) e dagli Stati membri. Questi ultimi devono infatti apportare un contributo finanziario nazionale.

Per il periodo 2000 - 2006, l'iniziativa comunitaria INTERREG III B MEDOCC dispone di un budget di 214,9 milioni di Euro. Secondo le regioni d'origine dei partner, il contributo FESR è fissato ad un limite massimo pari a:

75% del costo totale del progetto per le regioni dell'obiettivo 1.

Per quanto riguarda l'Italia, il tasso di finanziamento FEDER è lo stesso per tutte le regioni ed è pari al 50%. Relativamente ai contributi nazionali, l'Italia rappresenta ancora un'eccezione poiché la contropartita nazionale è integramente garantita dallo Stato tramite il Fondo di Rotazione.
50% del costo totale del progetto per le altre regioni.

Per le regioni del programma INTERREG III B MEDOCC, il limite massimo è dunque di:
Paese MEDOCC - Limite massimo dei fondi FESR attribuiti:



	Paesi Medocc	Disponibilità dei fondi FESR

	Spagna	75% (Andalusia, Murcia, Valenza, Ceuta e Melilla) 50% (regioni Aragonesi, Catalogna e le Isole Baleari)

	Francia	75% (Corsica) 50% (Linguadoca-Rossiglione, Provenza - Alpi - Costa Azzurra, Rodano-Alpi)

	Grecia	75 % (Tutto il territorio)

	Italia	50% (Basilicata, Calabria, Campania, Emilia-Romagna, Lazio, Liguria, Lombardia, Umbria, Piemonte, Sardegna, Sicilia, Toscana, Val d'Aosta)

	Malta	75 % (Tutto il territorio)

	Portogallo	75% (Algarve, Alentejo)

	Regno Unito	50% (Gibilterra)

Le risorse (214,9 milioni di euro) sono distribuite tra i vari assi del programma come segue:

Asse 1: 12,18% del programma, (26,17 milioni di euro)
Asse 2: 16,07% del programma, (34,54 milioni di euro)
Asse 3: 20,98% del programma, (45,10 milioni di euro)
Asse 4: 43,77% del programma, (94,10 milioni di euro)

Asse 5: 6,99% del budget, (15,03 milioni di euro) sono destinati all'assistenza tecnica degli Stati membri per garantire la predisposizione, il regolare funzionamento delle strutture comuni e l'attivazione del programma.

L'Unione europea, tramite il FEDER, cofinanzia l'iniziativa comunitaria MEDOCC con una quota pari a 119,3 milioni di euro.